其中300多種圖書在近幾年的圖書評選活動中分別獲得全國性、行業(yè)性及省、市的優(yōu)秀科技圖書、優(yōu)秀科普讀物及優(yōu)秀暢銷書獎。

出版社已有多部圖書獲得了各個級別的優(yōu)秀圖書及優(yōu)秀暢銷書獎。

例如，《西藏藏族人類學(xué)研究》一書獲得第二屆中國出版政府獎科技類圖書提名獎；《周易與中醫(yī)學(xué)》獲國際太極金獎；《“十一五”規(guī)劃戰(zhàn)略研究》獲中國出版政府獎和中華優(yōu)秀出版物獎；《知識經(jīng)濟》獲中國圖書獎；《遠離非典健康呼吸》獲國家圖書獎特別獎；《小分子RNA的基礎(chǔ)研究與臨床應(yīng)用》和《腫瘤實驗診斷治療學(xué)》獲新聞出版總署“三個一百”原創(chuàng)圖書獎；《凱蒂名畫奇遇》（7冊）《男孩女孩》、《穿越時空》（12冊）、《小狗卡皮》（12冊）、《法布爾昆蟲記》（10冊）、《YOUPI小百科》（10冊）、《妙趣科學(xué)翻翻書》（12本）等圖書被國家新聞出版總署列為“向全國青少年推薦百種優(yōu)秀圖書”等。《圖說寄生蟲學(xué)與寄生蟲病學(xué)》《復(fù)雜疑難肝膽外科手術(shù)學(xué)》《胎兒及新生兒心臟病學(xué)》《原創(chuàng)少兒環(huán)保歷險小說系列叢書》4項目入選“十二五”時期（2011—2015年）國家重點圖書、音像、電子出版物出版規(guī)劃。

另外，《東方科學(xué)文化的復(fù)興》等圖書獲北方省十省市優(yōu)秀圖書一等獎，《珍稀野生動物大解讀》（4冊）、《中國人的“心病”》（4冊）等圖書獲北方十省市優(yōu)秀圖書二等獎，《楊力養(yǎng)生23講》獲北方十省市優(yōu)秀暢銷書獎》；《中國長白山植物》、《中國木蘭》獲北京市優(yōu)秀圖書正式獎，《沒有上鎖的保險箱》獲北京市優(yōu)秀圖書提名獎等?！对瓌?chuàng)少兒環(huán)保歷險小說系列叢書》、《眼底病影像診斷圖譜（第二版）》、《劉渡舟臨證精要》、《免疫組織化學(xué)病理診斷（第二版）》、《中國重大疾病防治與研究叢書》、《胎兒及新生兒心臟病學(xué)》、《圖說寄生蟲學(xué)與寄生蟲病學(xué)》、《復(fù)雜疑難肝膽外科手術(shù)學(xué)》、《中國藥用植物種子全書》、《人致癌病毒與癌癥》等十項目入選北京市“十二五”重點圖書出版項目規(guī)劃。北科社出版的絕大多數(shù)圖書受到讀者的歡迎，銷售較好，例如，“楊力養(yǎng)生系列”圖書發(fā)行了14萬多冊，《男孩女孩》發(fā)行了2萬多冊。《跟著君之學(xué)烘焙》《左右腦開發(fā)叢書》、《彩圖版法布爾昆蟲記》、《圖畫捉迷藏》等圖書發(fā)行量達均高達數(shù)萬套，這些優(yōu)秀圖書在公眾中已產(chǎn)生了較大的影響。北科社還獲得多種集體榮譽，例如，被新聞出版總署評為"全國新聞出版先進集體"；社辦的貝殼閱讀網(wǎng)被評為"最具發(fā)展?jié)摿W(wǎng)站"；被北京市國稅、地稅局評為“納稅信用A級單位”；被北京市科委命名為北京市科普傳媒基地；從1998年至今，已連續(xù)13年榮獲首都精神文明單位稱號；參加北京市直運動會，獲健身球項目二等獎；參加市科研院廣播操比賽，獲一等獎等。