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胡麻SUC基因家族的鑒定與生物信息學(xué)分析

作者:齊燕妮; 李聞娟; 王利民; 趙瑋; 黨照; 謝亞萍; 張建平 甘肅省農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物研究所; 甘肅蘭州730070

摘要:利用多個(gè)物種的SUC基因蛋白序列在胡麻基因組內(nèi)進(jìn)行BlastP分析,通過(guò)Pfam確認(rèn)結(jié)構(gòu)域,獲得胡麻SUC基因家族成員,并進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)分析;對(duì)蛋白分子量、等電點(diǎn)、信號(hào)肽、跨膜結(jié)構(gòu)域、糖基化修飾位點(diǎn)、亞細(xì)胞定位、Motif及二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測(cè)。結(jié)果鑒定得到12個(gè)胡麻SUC基因家族成員,大部分成員含有4個(gè)以上的外顯子,10個(gè)以上跨膜結(jié)構(gòu)域,并獲4個(gè)特征性Motif。進(jìn)化樹分析顯示,胡麻SUC分別屬于SUT1、SUT2和SUT4家族。

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