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百脈根PIN基因家族的鑒定與分析

作者:呂赟; 丘日光; 楊仕梅; 吳佳海; 宋莉 貴州大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/農(nóng)業(yè)生物工程研究院/山地植物資源保護(hù)與種質(zhì)創(chuàng)新教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/貴州省農(nóng)業(yè)生物工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 貴州貴陽(yáng)550025; 貴州省草業(yè)研究所; 貴州貴陽(yáng)550006

摘要:生長(zhǎng)素輸出載體蛋白PIN-formed(PIN)是一類調(diào)控植物生長(zhǎng)素極性運(yùn)輸?shù)闹匾d體元件,與植物生長(zhǎng)發(fā)育密切相關(guān)。利用生物信息學(xué)方法對(duì)百脈根(Lotuscorniculatus)PIN基因家族成員(LjPIN)進(jìn)行篩選、鑒定,并對(duì)其結(jié)構(gòu)特征、系統(tǒng)進(jìn)化、編碼蛋白質(zhì)性質(zhì)、順式作用元件組成和表達(dá)特性等進(jìn)行研究,為其功能鑒定及利用奠定基礎(chǔ)。結(jié)果表明,百脈根基因組中含有27個(gè)LjPIN成員,主要分布在1-5號(hào)染色體上;27個(gè)LjPIN基因含8個(gè)可變剪切位點(diǎn),編碼35個(gè)蛋白質(zhì);除了LjPIN4、LjPIN13、LjPIN23基因外,其他LjPIN基因均含有內(nèi)含子,內(nèi)含子數(shù)和外顯子數(shù)均為1~10個(gè);LjPIN與擬南芥AtPIN、大豆GmPIN在進(jìn)化關(guān)系上較接近,與水稻OsPIN較遠(yuǎn);LjPIN蛋白大多為堿性的兩性穩(wěn)定蛋白質(zhì),一般含有5種保守基序,基序數(shù)量2~9個(gè);LjPIN基因除了含有順式作用基本元件CAAT-box和TATA-box外,還含有光響應(yīng)、激素響應(yīng)及生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的調(diào)控元件;11個(gè)LjPIN基因在根、莖、葉、花和不同形成時(shí)期種子中呈時(shí)空差異表達(dá)。

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