藥物靶標(biāo)作用關(guān)系預(yù)測結(jié)果評價及查詢驗證
作者：余冬華; 郭茂祖; 劉曉燕; 程爽 哈爾濱工業(yè)大學(xué)計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)院; 哈爾濱150001; 北京建筑大學(xué)電氣與信息工程學(xué)院; 北京100044; 建筑大數(shù)據(jù)智能處理方法研究北京市重點(diǎn)實驗室(北京建筑大學(xué)); 北京100044; 中國工程物理研究院材料所; 四川綿陽621900
摘要：藥物靶標(biāo)作用關(guān)系預(yù)測是一種重要的輔助藥物研發(fā)手段,而生物實驗驗證藥物靶標(biāo)作用關(guān)系耗錢耗時,因此,在數(shù)據(jù)庫中查詢驗證預(yù)測的藥物靶標(biāo)作用關(guān)系是對預(yù)測方法的重要評價.基于KEGG,DrugBank,ChEMBL這3個數(shù)據(jù)庫,利用爬蟲獲取信息的方式設(shè)計開發(fā)了藥物靶標(biāo)作用關(guān)系查詢驗證方法DTcheck(drug-target check),實現(xiàn)了對于提供KEGG DRUG ID及KEGG GENES ID的藥物靶標(biāo)對的高效查詢驗證功能,并利用DTcheck分別為Enzyme,IC(ion channel),GPCR(G-protein-coupled receptor),NR(nuclear receptor)四個標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集擴(kuò)充新增藥物靶標(biāo)作用關(guān)系907,766,458,40對.此外,結(jié)合DTcheck查詢驗證,以BLM(bipartite local models)方法為例分析了預(yù)測結(jié)果的評價問題,結(jié)果表明,采用AUC(area under curve)值評價藥物靶標(biāo)作用關(guān)系預(yù)測方法沒有Top N 評價合理,且AUC值低的BLMd方法在預(yù)測新的藥物靶標(biāo)作用關(guān)系時優(yōu)于AUC值高的BLMmax方法.
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