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馬鈴薯60S核糖體蛋白L28-1基因的生物信息學(xué)分析

作者:衛(wèi)紅萍; 馬笑笑 陽泉師范高等??茖W(xué)校; 山西陽泉045000; 山西師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院; 山西臨汾041000

摘要:以馬鈴薯與青枯菌互作過程中產(chǎn)生的一條EST為實(shí)驗(yàn)材料,初步推定該EST表達(dá)蛋白可能參與馬鈴薯青枯病的抗性。通過對這條上調(diào)表達(dá)的EST核酸構(gòu)成、氨基酸的構(gòu)成和該EST編碼的可能蛋白質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步的推理剖析、序列分析,結(jié)果表明:該EST的長度為601bp,其中部有429個(gè)堿基編碼了含143個(gè)氨基酸的肽段,該小肽一端是明顯的親水的,一端為顯著的疏水的,無信號肽,無二硫鍵,無膜穿透性,二級結(jié)構(gòu)中含有的無規(guī)則卷曲比較多,有多個(gè)磷酸化位點(diǎn),含保守結(jié)構(gòu)域,經(jīng)分析,與野生種潘那利番茄RPL28-1相似度最高,默示與野生種潘那利番茄RPL28-1擁有大致差不多的構(gòu)造,發(fā)揮出差不多作用。因此以上結(jié)果可以為進(jìn)一步研究該基因編碼蛋白的具體功能和在青枯菌與馬鈴薯互作過程中發(fā)揮作用。

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