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泡桐叢枝病相關(guān)lncRNAs的表達(dá)和調(diào)控

作者:李文楊; 李永生; 曹亞兵; 王哲; 閆麗君; 范國強 信陽農(nóng)林學(xué)院林學(xué)院; 河南信陽464000; 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)泡桐研究所; 河南鄭州450002

摘要:為揭示與泡桐叢枝病相關(guān)的長鏈非編碼RNA(lncRNA),探討其調(diào)控模式,利用高通量測序平臺Illumina HiseqTM2000對泡桐的健康苗、叢枝病苗和利福平處理的叢枝病苗進(jìn)行測序,篩選出差異表達(dá)的lncRNAs和靶基因,并對靶基因進(jìn)行基因本體論(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集性分析。結(jié)果表明:共鑒定出的3 237個候選lncRNAs,其中PT/PTI、PT/PTIL-100和PTI/PTIL-100中差異表達(dá)并且相同的lncRNAs有147個,靶基因富集于40個GO和119條代謝通路。通過比較分析,發(fā)現(xiàn)72個lncRNAs可能與泡桐叢枝病發(fā)生相關(guān),其靶基因主要參與的KEGG代謝途徑有磷脂酶D信號通路、Wnt信號通路、ABC轉(zhuǎn)運、糖基磷脂酰肌醇(GPI)-錨定生物合成途徑、次生代謝產(chǎn)物的生物合成、泛素介導(dǎo)的蛋白水解、玉米素生物合成、甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝等。預(yù)測lncRNAs(TCONS_00009507、TCONS_00019521、TCONS_00012917、TCONS_00030963和TCONS_0002705)調(diào)控靶基因參與泡桐叢枝植原體與泡桐互作和影響細(xì)胞周期改變泡桐形態(tài)建成,為泡桐叢枝病發(fā)生機理的研究奠定基礎(chǔ)。

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