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裂殖酵母復(fù)制起始位點(diǎn)的序列特征分析和預(yù)測(cè)

作者:邢永強(qiáng) 趙宏宇 劉國(guó)慶 趙秀娟 蔡祿 內(nèi)蒙古科技大學(xué)數(shù)理與生物工程學(xué)院 包頭014010 內(nèi)蒙古科技大學(xué)生物工程與技術(shù)研究所 包頭014010

摘要:DNA的精確復(fù)制是保證基因組完整性的關(guān)鍵。裂殖酵母是研究真核生物DNA復(fù)制等基因表達(dá)調(diào)控過程的重要模式生物。作者統(tǒng)計(jì)分析了裂殖酵母復(fù)制起始區(qū)的堿基組分、k-mer(k=2~4)頻數(shù)、GC/AT位點(diǎn)偏差和GC/AT位點(diǎn)組分。結(jié)果發(fā)現(xiàn):復(fù)制起始區(qū)的AT含量顯著高于非復(fù)制起始區(qū),且富含WW(W為A或T)二聯(lián)體,而非復(fù)制起始區(qū)富含SS(S為G或C)二聯(lián)體;復(fù)制起始區(qū)和非復(fù)制起始區(qū)的GC/AT位點(diǎn)偏差、GC/AT位點(diǎn)組分也存在顯著差異。另外,作者僅基于DNA序列或結(jié)構(gòu)特征,使用支持向量機(jī)區(qū)分了裂殖酵母復(fù)制起始區(qū)和非復(fù)制起始區(qū),預(yù)測(cè)總精度約70%。表明DNA序列對(duì)裂殖酵母的復(fù)制起始有重要影響。該研究對(duì)進(jìn)一步闡明真核生物的復(fù)制機(jī)制有重要的理論意義。

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