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基于Perl腳本在NCBI網(wǎng)站自動(dòng)或批量獲取物種信息

作者:李元; 豐磊; 吳玲惠; 舒青龍 江西中醫(yī)藥大學(xué); 生命科學(xué)學(xué)院; 南昌330004

摘要:根據(jù)物種學(xué)名、分類號(hào)、任意一段核酸或蛋白質(zhì)的序列,判定其屬于什么物種及其詳細(xì)分類的信息如何,是生物信息分析的最為基礎(chǔ)且重要的環(huán)節(jié),但該過程的分析及結(jié)果的獲取均為手動(dòng),費(fèi)時(shí)費(fèi)力且容易出錯(cuò)。本研究旨在解決如何在NCBI網(wǎng)站上自動(dòng)或批量獲取物種信息。通過解析NCBI在線BLAST結(jié)果及其網(wǎng)頁源程序特點(diǎn),利用Perl語言編寫自動(dòng)化腳本,以達(dá)到批量獲取查詢或比對(duì)結(jié)果的物種分類信息。本研究編寫的Perl語言腳本可解決序列在NCBI在線比對(duì)后自動(dòng)或批量獲取物種的分類信息問題,適用于細(xì)菌、真菌、動(dòng)物、植物等物種學(xué)名、分類號(hào)、核酸或蛋白質(zhì)的任意序列,可以為同行生物數(shù)據(jù)分析提供參考。

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生物信息學(xué)

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