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通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選新的非酒精性脂肪性肝炎關(guān)鍵基因

作者:馮鞏; 賀娜; 彌曼; 李雪萍; 劉曼玲; 范立萍; 劉艷; 李麗莉; 牛春燕 西安醫(yī)學(xué)院全科醫(yī)學(xué)研究所; 西安710021; 西安醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院消化內(nèi)科; 寶石花長(zhǎng)慶職工醫(yī)院興隆園醫(yī)院影像科; 寶石花長(zhǎng)慶職工醫(yī)院興隆園醫(yī)院醫(yī)務(wù)科; 廈門(mén)大學(xué)附屬翔安醫(yī)院消化內(nèi)科

摘要:目的通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選新的非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)關(guān)鍵基因,從而為NASH的診斷和治療以及科研提供新的思路與方法。方法通過(guò)GEO(Gene Expression Omnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)獲取關(guān)于NASH的基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù),進(jìn)一步通過(guò)GEO2R在線(xiàn)分析工具分析手段獲得NASH和正常組織的差異化表達(dá)基因(differentially expressed genes,DEGs)。隨后,對(duì)這些DEGs進(jìn)行功能富集分析,同時(shí)借助于蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖分析(protein-protein interaction,PPI)去尋找NASH發(fā)生和發(fā)展的潛在分子作用機(jī)制。結(jié)果獲得GSE17470芯片,514個(gè)DEGs以及11個(gè)關(guān)鍵基因(VEGFA、FOS、CAT、ALDH7A1、ALDH1B1、ALDH1A1、ALDH2、ERBB2、ALDH1L1、TF、ALDH8A1),功能富集分析提示DEGs多參與代謝過(guò)程,包括三大營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)(糖類(lèi)、脂肪、蛋白質(zhì))代謝,尤其是脂質(zhì)代謝,同時(shí)與氧化還原生理過(guò)程密切相關(guān),其中3個(gè)關(guān)鍵基因(CAT、ALDH2、ALDH8A1)與肝癌的生存分析具有緊密聯(lián)系,可能與NASH發(fā)展到HCC密切相關(guān)。結(jié)論這些篩選出來(lái)的NASH關(guān)鍵基因在未來(lái)可能會(huì)成為NASH新的診斷生物學(xué)標(biāo)志物或靶向性治療的目標(biāo),為未來(lái)本領(lǐng)域的科學(xué)探索奠定新的方向。

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山西醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)

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