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葡萄Trihelix轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息及其基因表達分析

作者:盧世雄; 王萍; 何紅紅; 梁國平; 馬宗桓; 喬亞麗; 吳玉霞; 陳佰鴻; 毛娟 甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院; 蘭州730070

摘要:利用生物信息學(xué)分析、預(yù)測葡萄Trihelix轉(zhuǎn)錄因子家族基因的特性與功能,為葡萄抗逆基因的挖掘和利用提供理論依據(jù)。以‘紅地球’葡萄(Vitis vinifera)試管苗為試驗材料,對葡萄Trihelix轉(zhuǎn)錄因子家族進行理化性質(zhì)、染色體定位、二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、亞細(xì)胞定位、基因結(jié)構(gòu)分析、motif以及基因芯片表達分析,并利用qRT-PCR技術(shù)分析該家族基因在400 mmol·L^-1 NaCl、100 mmol·L^-1 ABA和10%PEG逆境下的表達情況。結(jié)果表明,該轉(zhuǎn)錄因子家族在葡萄基因組中總共有27個成員,分布于11條染色體上,其中有10個成員集中分布在第14號和17號染色體上;氨基酸殘基為175~880個,大多數(shù)具有疏水性。亞細(xì)胞定位分析表明,該基因家族主要存在于細(xì)胞核中。結(jié)構(gòu)域分析顯示,同一亞家族蛋白保守域結(jié)構(gòu)高度相似?;蛐酒磉_結(jié)果顯示,非生物脅迫下,葉片中VvTrihelix6在PEG處理24 h后與對照相比呈顯著上調(diào)趨勢,當(dāng)用NaCl處理4h和24h后,與葉片對照相比有下調(diào)表達趨勢;用ABA處理果實3d后,該基因在果實中呈下調(diào)表達,處理10d后變化不明顯。葉片中VvTrihelix19轉(zhuǎn)錄因子經(jīng)PEG、NaCl和冷脅迫處理24 h后明顯下調(diào);果實用ABA處理3 d和10 d后均有明顯下調(diào)趨勢。qRT-PCR分析表明該轉(zhuǎn)錄因子家族所有基因?qū)δ婢趁{迫具有響應(yīng)作用,但是,不同成員在不同逆境脅迫下的響應(yīng)程度存在一定的差異。轉(zhuǎn)錄因子VvTrihelix6在400 mmol·L^-1 NaCl和100 mmol·L^-1 ABA處理下表達量極顯著高于對照,分別是對照的15倍和8倍;VvTrihelix19只在10%PEG脅迫處理后呈顯著上調(diào)表達。

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