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舌苔細(xì)菌PCR-DGGE分析條件的建立與優(yōu)化

作者:方玲; 夏永軍; 劉罡; 艾連中; 熊智強(qiáng) 上海理工大學(xué)醫(yī)療器械與食品學(xué)院; 上海食品微生物工程研究中心; 上海200093; 復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院康復(fù)醫(yī)學(xué)科; 上海200040

摘要:目的針對(duì)口腔舌苔細(xì)菌16S rDNA序列進(jìn)行變性梯度凝膠電泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)適用序列的篩選及電泳條件的優(yōu)化。方法以DGGE圖譜的高分辨率為指標(biāo),選擇舌苔細(xì)菌DGGE分離最適的16S rDNA高變區(qū)、電泳電壓和電泳時(shí)間,并采用優(yōu)化的條件分析健康青年人舌苔細(xì)菌群落的分布。結(jié)果舌苔細(xì)菌16S rDNA V3高變區(qū)引物序列能獲得更加豐富清晰的DGGE條帶;基于該區(qū),當(dāng)變性劑濃度為30%~60%、電泳溫度60℃、電壓60 V和電泳時(shí)間14 h時(shí)能得到分辨率最佳的DGGE圖譜。運(yùn)用此優(yōu)化條件對(duì)12個(gè)樣本舌苔細(xì)菌群落的分析表明,舌苔微生物主要由厚壁菌門、梭桿菌門、擬桿菌門和變形菌門等組成。優(yōu)化后的DGGE技術(shù)對(duì)舌苔細(xì)菌多樣性的分析具有準(zhǔn)確性、靈敏性和可重復(fù)性。結(jié)論DGGE圖譜顯示,不同分析條件對(duì)圖譜類型和細(xì)菌多樣性指數(shù)均有所差異。利用優(yōu)化的DGGE條件能有效分離舌苔細(xì)菌16S rDNA V3區(qū)序列,為口腔微生物群落結(jié)構(gòu)分析提供可靠的技術(shù)支持,也為其他不同生態(tài)細(xì)菌的多樣性分析提供參考。

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