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普通小麥主要農(nóng)藝性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析

作者:翟俊鵬; 李海霞; 畢惠惠; 周思遠(yuǎn); 羅肖艷; 陳樹林; 程西永; 許海霞 河南農(nóng)業(yè)大學(xué)/省部共建小麥玉米作物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗室/河南省糧食作物協(xié)同創(chuàng)新中心; 河南鄭州450046

摘要:為解析小麥復(fù)雜農(nóng)藝性狀的遺傳機(jī)制,本研究以150份小麥品種(系)為自然群體,在4個環(huán)境條件下測定了9個主要農(nóng)藝性狀,利用小麥35K SNP芯片,結(jié)合5種關(guān)聯(lián)模型(Q、PCA、K、PCA+K、Q+K),進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明,全基因組多態(tài)性信息量PIC的范圍為0.0950~0.5000,最小等位基因頻率MAF值為0.0500~0.5000;群體結(jié)構(gòu)分析和PCA分析均表明參試材料可分為兩個亞群;連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)A基因組、B基因組、D基因組和全基因組的LD衰減距離分別為4.7、8、11和6 Mb。9個性狀共檢測到652個顯著的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)(P≤0.001),其中21個SNP在2個或2個以上的環(huán)境中被重復(fù)檢測到,分布在1A(1)、1B(4)、2A(3)、2D(2)、3A(1)、5A(1)、5B(5)、6A(1)、6B(2)和7D(3)染色體上;1個SNP標(biāo)記的物理位置未知,3個SNP標(biāo)記同時與2個性狀顯著關(guān)聯(lián);單個SNP 的表型貢獻(xiàn)率為7.67%~18.79%。8個優(yōu)勢等位變異在供試群體中所占比例較低,篩選出14個可能與小麥農(nóng)藝性狀相關(guān)的候選基因,其中TraesCS5B02G237200、TraesCS7D02G129700和TraesCS1B02G426300可能在植物抵御生物與非生物脅迫中起作用,TraesCS5B02G010800和TraesCS7D02G436800可能與植物激素的合成和響應(yīng)有關(guān),TraesCS2A02G092200可能與植物細(xì)胞壁的增強(qiáng)有關(guān),TraesCS5A02G438800可能參與葉綠體發(fā)育,另外7個候選基因的功能未知。

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