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利用mtDNA D-loop區(qū)研究貴州豬種的遺傳多樣性與起源

作者:趙忠海; 周迪; 李輝; 易恒潔; 龍清孟; 師新彩; 卜小雁; 陳林; 楊華婷; 李興才 貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院/高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 貴陽550025; 貴州省動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 貴陽550025; 貴州省遵義市畜牧站; 遵義563000; 貴州省正安縣畜牧產(chǎn)業(yè)發(fā)展辦公室; 遵義563400; 貴州省種畜禽種質(zhì)測(cè)定中心; 貴陽550018

摘要:線粒體DNA (mitochondrial DNA, mtDNA)作為核外遺傳物質(zhì),承載著重要的遺傳信息,其Dloop區(qū)序列能反應(yīng)出物種的遺傳多樣性。為了對(duì)貴州豬(Sus scrofa domesticus)種的遺傳多樣性進(jìn)行評(píng)估,本研究選取了高坡豬、關(guān)嶺豬、從江香豬、黔南黑豬、黔北黑豬、柯樂豬、江口蘿卜豬、宗地花豬、白洗豬和糯谷豬共10個(gè)貴州省地方豬種與梅山豬、榮昌豬和大白豬3個(gè)外地品種作為研究對(duì)象,利用PCR擴(kuò)增技術(shù)結(jié)合直接測(cè)序的方法對(duì)mtDNA的D-loop區(qū)全序列進(jìn)行擴(kuò)增分析。結(jié)果顯示,實(shí)驗(yàn)群體的mtDNA Dloop區(qū)全序列為1 117~1 148 bp,共12種長度的序列,除了宗地花豬的堿基組成差異較大,其他品種的堿基含量基本無差異,均表現(xiàn)為T的含量最高,C的含量最低,堿基A+T含量明顯高于C+G;在有效測(cè)序結(jié)果的149條拼接序列中發(fā)現(xiàn)66個(gè)多態(tài)位點(diǎn),定義了16種單倍型,單倍型多樣性為0.421 5。分析高坡豬群體與其他豬種群體之間遺傳關(guān)系,發(fā)現(xiàn)其間基因交流較少,基因交流值(Nm)均小于1;高坡豬與宗地花豬之間的遺傳分化指數(shù)最高,遺傳分化指數(shù)(Fst)值為0.412 78,高坡豬與黔南黑豬和關(guān)嶺豬的遺傳分化指數(shù)較低,說明三者之間的遺傳關(guān)系較近。進(jìn)行品種間的遺傳多樣性分析時(shí)發(fā)現(xiàn),高坡豬與黔北黑豬親緣關(guān)系較近,而宗地花豬與其他12個(gè)品種的親緣關(guān)系都較遠(yuǎn)。綜合本研究結(jié)果可推測(cè),目前10個(gè)貴州地方豬種的遺傳多樣性受到外來品種的影響。本研究為進(jìn)一步了解貴州豬種起源分化以及遺傳多樣性提供理論支持,并為地方豬種保護(hù)提供參考資料。

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